Cherry Filter foi formado em 1997 por Son Senhyon, Yon Yungun e Chon Ujin. Os primeiros shows da banda foram nos clubes do underground coreano, o que lhes deu uma base para mostrar seu som único para um público intenso. Seu som era composto de baladas, punk rock, e até mesmo trance music. A banda teve seu primeiro baque quando uma gravadora convidou o grupo para gravar a trilha sonora de um filme, chamado Bloody Beach, um filme de horror sul-coreano.
Em 1999, eles gravaram a trilha sonora do filme Ninko jiio yoshanashi. Pouco tempo depois, o vocalista original os deixou e Cho Ujin (Youjeen) preencheu a vaga.
Cherry Filter fez sua estréia oficial em 2000, com seu primeiro álbum completo, Head Up. Esse álbum traz o vocal do Crying Nut, outra banda coreana de rock, na faixa Pa-Ri 2.
Pouco depois, Youjeen decidiu enviar demo tapes de seu trabalho solo para gravadoras no Japão. J, da lendária banda japonesa Luna Sea, pegou uma cópia de sua demo e colocou a cantora sob suas asas. Seu álbum solo de estréia, The Doll, foi razoavelmente bem sucedido no Japão, e permitiu a ela trabalhar não somente com J, mas com Franz Stahl (membro do Foo Fighters). Depois do lançamento de seu segundo álbum, ela parou com suas atividades solo.
Em 2001, Youjeen voltou para a banda e eles lançaram seu álbum seguinte, Made In Korea? Esse álbum, junto com a empolgação em torno da carreira solo de Youjeen, ajudou o Cherry Filter a se instalar na grande mídia. A música Nangman Goyangi se tornou um hit instantâneo, e a banda rapidamente se tornou uma das mais populares na Coréia. Depois de ter o álbum lançado, a banda passou a fazer turnês pelo Japão e pela Coréia.
2003 viu a banda lançar seu terceiro álbum, The Third Eye, e em 2004, a banda abriu os shows de J em sua turnê Red and Dead no Japão. Essa foi provavelmente a época de maior sucesso da banda, na qual o grupo teve um contrato de publicidade lucrativo oferecido pela Coca Cola.
Seu quarto álbum continuou o sucesso do grupo, e seu single principal de Peace N Rock N Roll, Happy Day, estreiou na sétima posição no ranking.
