Agent Aika é um anime ambientado em Tóquio, 20 anos após um terrível terremoto que deixou quase todo o mundo submerso. Sumeragi Aika é uma mestra em artes marciais, e também uma salvager, uma agente que trabalha em um Grupo de Resgate que recupera objetos (geralmente de valor) e dados importantes nas cidades submersas.
De acordo com a página oficial de Agent AIKa, a sua nova continuação será na verdade um OVA, e não um seriado de televisão (o que há restrição no conteúdo). Foi lançado em 23 de março de 2007.
A história tem início quando o Aika recebe a missão de recuperar Lagu, uma nova fonte de energia. Pela falta de opções (dinheiro), Aika resolve aceitar o trabalho, mas quando chega ao local combinado, descobre que é tudo uma grande cilada.
Recebendo a ajuda de sua parceira Rion, ela consegue se infiltrar na base inimiga e passar por difíceis situações. Quando a história fica perigosa para ela, é só usar o Metal de Ortanato que a deixa muito mais forte e rápida, além de mais bonita. O efeito negativo é que esse metal às vezes causa uma dupla-personalidade, deixando-o apenas para situações de vida ou morte.
Com o desenrolar da história, Aika descobre que Lagu é na verdade o causador do terremoto que inundou o mundo, e um psicopata quer usar a energia do Lagu para criar uma terrível onda de energia e destruir a Terra por completo.
O anime é dividido em duas partes. Na primeira, Aika tem que salvar o mundo da destruição pelo Lagu. Na segunda, ela tem que fugir de assassinas que a todo custo querem sua cabeça, por estragar os planos da corporação onde trabalham.
