A palavra 'cogito' é um verbo latino, conjugado na 1ª pessoa do presente do indicativo, que significa 'penso'. Conhecida pelo ditado "Cogito, ergo sum: Penso, logo existo". Provavelmente, a palavra 'Ergo' surgiu desse mesmo ditado.
O episódio 14 tem o título Ophelia. Ophelia é uma pintura de John Everett Millais, que retrata o suicídio da personagem de Hamlet, em um lago.
O primeiro episódio começa com uma citação da resposta de Michelangelo ao "Epígramo à Noite" de Giovan Batista Strozzi. A sequência de abertura do episódio 3 em diante mostra fragmentos dessa citação em italiano nos gráficos de fundo da montagem."Caro m' è 'l sonno, e più l'esser di sasso, Mentre che 'l danno e la vergogna dura: Non veder, non sentir, m' è gran ventura; Però non mi destar, deh! parla basso""Bem vindo seja o sono, mais bem vindo o sono de pedra. Enquanto o crime e a vergonha permanecem em terra; Minha grande sorte, não ver ou ouvir; Não me acordem - por piedade, falem baixo."
No episódio 1, quando Vincent coloca leite no seu cereal de letrinhas, as letras flutuam soletrando "awakening" ("despertar").
Dentro da câmara do regente Donov Mayer, as estátuas das duas figuras deitadas à direita são baseadas nas estátuas "Noite e Dia", de Michelangelo, localizadas acima da cripta de Giuliano di Piero de Medici, na Capela dos Médici, em Florença. No anime, a figura feminina (noite) representa a voz de Lacan, e a masculina (dia) a voz de Husserl. As estátuas à esquerda são baseadas na obra "Crepúsculo e Amanhecer", também de Michelangelo, colocadas acima da cripta de Giuliano di Lorenzo de Medici, também na Capela dos Médici. No anime, a figura feminina (Amanhecer) representa a voz de Derrida, e a masculina (Crepúsculo) a voz de Berkeley. Os nomes das estátuas, por sua vez, pertencem a dois grandes teóricos da psicologia e da filosofia, respectivamente: Lacan e Husserl. O primeiro era psicanalista,e ter sido chamado de noite pode ter alguma conexão com o inconsciente; enquanto que o segundo tem suas obras ditas como base da psicologia existencialista (ou fenomenologia existencialista), que tem uma visão mais clara, por assim dizer, dos eventos psíquicos.
O tema de encerramento "Paranoid Android" da banda inglesa Radiohead tem relação direta com alguns aspectos do anime, como andróides adquirindo livre arbitrio (AUTOREIVs infectados com o vírus cogito, como o próprio anime cita, adquirem "alma"). O fatos dos AUTOREIVs infectados desrespeitarem a mais importante lei da robótica e atacarem os humanos, refere-se principalmente a uma passagem de Paranoid Android que diz: "quando eu for rei, você será o primeiro contra a parede...". A música "Paranoid Android" faz referência ao robô maníaco-depressivo, Marvin (O Guia do Mochileiro das Galáxias), com sua extrema inteligência e paranóia, ele passa a desprezar a vida e principalmente, os seres humanos. Sendo assim, o anime faz uma alusão, através da música, à contaminação dos AUTOREIVs, ao modo como eles agem após a contaminação.
Os robôs (AUTOREIVs) do anime possuem um aplicativo de nome Turing, que pode ser ligado e desligado, permitindo a conversa normal entre humanos e andróides. O nome foi dado em homenagem à Alan Mathison Turing, um dos grandes teóricos da computação e da inteligência artificial, que criou o Teste de Turing, um teste de inteligência artificial.
Os nome dos seguintes personagens foram baseados em filosófos: Husserl, Kristeva, Derrida, Berkeley, Deleuze e Félix Guattari.
Ergo Proxy é um animê de suspense e ficção científica exibido a partir de fevereiro de 2006 no canal japonês. A história começa numa cidade futurista chamada Romdo, construída para a proteção dos cidadãos após o apocalipse ambiental global. Nesta...