Há 500 anos um senhor feudal foi atacado, por Ayakashis, monstros espirituais, que queriam o grande poder que ele tinha, para poder dominar o mundo com este poder. Devido os constantes ataques, um poderoso mago, Tokimori Hazama, foi chamado para o proteger. Hazama veio com dois alunos que conseguiram proteger o Senhor, até o dia de sua morte. Após sua morte, eles o enterraram com seu poder, em um lugar ao qual chamaram de Karasumori.
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Sumimura Yoshimori, é um estudante de 14 anos, que é o descendente do Clã Sumimura de Kekkaishi. Ele é herdeiros direto dos poderes do clã. Assim como ele, Yukimura Tokine, também herdou estes poderes, ela é mais velha que ele, e é sua amiga de infância e também sua rival como Kekkaishi. Devido a fatos acontecidos na infância dos dois, Yoshimori quer ser tornar mais forte kekkaishi, para que Tokine não precise mais lutar, mas ele apenas consegue dominar seus poderes brutamente, enquanto Tokine é extremamente habilidosa e precisa no uso de seus poderes.
O anime se passa entorno da escola Karasumori, em baixo da qual está a tumba Karasumori. Ai entra Tokine e Yoshimori, eles são os guardiões desta tumba, eliminado qualquer Ayakashi que tentar se aproximar dela. Eles também contam com ajuda de dois shikigamis, capturados por seus antecessores, e escravizados para servi-los.. Yoshimori conta com o shikigami Madarao, e Tokine com Hakubi, ambos farejam Ayakashis, e como recompensa eles podem comer os Ayakashis menores.
